Die Orgel in St. Peter und Paul ist ein digitales Instrument der Firma Ahlborn, eine Hymnus IV.
Da nach dem Kirchneubau 2000/2001 nicht mehr genug Geld übrig war und eine Pfeifenorgel ca. 150.000 bis 200.000 DM gekostet hätte, blieb keine andere Wahl. Die Vermona ET6/1 aus der alten Kapelle hat die Gemeinde zwar viele Jahre begleitet, aber sie hätte den neuen Raum nicht annähernd ausfüllen können.
Dank einer aufwändigen 8kanaligen Lautsprecheranlage mit vier leistungsfähigen Stereo-Verstärkern, die Kantor Mathias Elsner, der im Hauptberuf Toningenieur ist, entwickelt, gebaut und teilweise selbst finanziert hat, ist aus der digitalen "Notlösung" eine akzeptable und klangstarke Alternative zur Pfeifenorgel geworden. Die Optik ist (noch) suboptimal... ;)
Disposition:
| Pedal | Hauptwerk (I) | Schwellwerk (II) | Spielhilfen |
| Prinzipalbaß 16´ | Bordun 16´ | Gedackt 8´ | Koppel I-P |
| Subbaß 16´ | Prinzipal 8´ | Gambe 8´ | Koppel II-P |
| Oktavbaß 8´ | Rohrflöte 8´ | Vox Celeste 8´ | Koppel II-I |
| Gedackt 8´ | Oktave 4´ | Prinzipal 4´ | Tremulant (II) |
| Oktave 4´ | Spitzflöte 4´ | Gemshorn 4´ | Schweller (II) |
| Mixtur 4f | Superoktave 2´ | Nasat 22/3´ | 5 freie Setzer |
| Fagott 16´ | Sesquialtera 2f | Waldflöte 2´ | 3 feste Setzer |
| Regal 4´ | Mixtur 4f | Terz 13/5´ | (Plenum I/II; Tutti) |
| Trompete 8´ | Scharff 3f | ||
| Oboe 8´ |
Wer diese Disposition mit derjenigen der Orgel in der wesentlich größeren Bonifatius-Kirche vergleicht, wird sich fragen, ob die Markkleeberger Gemeinde vielleicht ein bißchen größenwahnsinnig ist. 27 klingende Register gegen 20 (19) in Bonifatius? Nun, Digitalorgeln gibt's "von der Stange". Die Hymnus IV ist eines der kleinsten Modelle mit 2 Manualen und Pedal. Die Pfeifenorgel in Bonfatius ist dagegen - wie jede Pfeifenorgel - eine Unikat, eine Einzelanfertigung, auch wenn sie ursprünglich nicht für St. Bonifatius gebaut wurde. Eine Pfeifenorgel in Peter & Paul hätte nur 12...15 Register bekommen.